Le Temple Hakurei est un des lieux les plus éloignés de la civilisation à Gensokyo, loin du village et loin des forêt, il se dresse au sommet d'une longue pile d'escaliers assez rudes. Bâti près d'une immense montagne où se loge à son pied le Makai, le Temple est aussi le lieu où sont gérées les Grandes Barrières Hakurei, les frontières ultimes de Gensokyo. Ce lieu saint est abandonné par les habitants de Gensokyo, car au fil du temps, les divinités vénérées ont été oubliées par tout le monde, et mêmes les prêtresses elles-même, ce qui donne un aspect totalement inutile au Temple; pas très encourageant pour la montée des marches. C'est aussi ici qu'habite Reimu Hakurei la prêtresse actuelle du Temple. Les youkai perdus et les youkai ennuyés passent souvent au Temple, pour trouver une occupation, ou bien embêter son occupante.

La Forêt de la Magie est une immense et humide forêt que l'on peut rapidement rejoindre depuis le village humain. Cependant, étant fréquentée par de dangereuses créatures et abritant certains puissants magiciens, les humains y posent rarement les pieds. De plus l'air ambiant est chargé des spores libérées par les champignons aux propriétés nocives ou hallucinogènes qui pullulent dans cette forêt, profitant de l'ombre et de l'humidité. Les youkai eux-même évitent cet endroit. Il est donc uniquement peuplé par ceux qui sont assez puissants pour endurer les conditions de vie difficilement supportables de ce milieu.

Le Village des Humains, comme son nom l'indique, abrite la plupart des humains de Gensokyo. C'est ici qu'ils sont le plus en sécurité, à l'abri des youkai les plus dangereux, ceux ci n'ayant même pas connaissance de son existence. Même si certains youkai s'invitent parfois dans le village, ceux ci ne représentent pas une menace pour les habitants et entretiennent même parfois la prospérité du village en participant au commerce. Les humains du village peuvent accéder à la boutique Kourindou en prenant le chemin vers la Forêt de la Magie, et depuis peu, la population bouddhiste du village humain a aussi l'habitude de se rendre au Temple Myouren.

La Scarlet Devil Mansion est un imposant manoir écarlate au style européen qui se dresse sur le bord du Lac Brumeux. Il est surmonté d'une énorme tour sur laquelle est montée une horloge, dont la cloche ne sonne que la nuit. Comme plusieurs autres monuments en Gensokyo, cette demeure est originaire du monde extérieur. Si un si grand bâtiment comporte si peu de fenêtres, c'est parce que les maîtres de ce domaine ne sont autres que des vampires, craignant la lumière du soleil. En dehors des maîtres, la Scarlet Devil Mansion est la demeure de nombreuses autres occupantes, dont la plupart sont des domestiques. Cette bâtisse abrite également une remarquable bibliothèque (sans aucun doute la plus grande de Gensokyo), qui abrite des kilomètres d'étagères sur lesquels reposent des livres en tous genres, dont une importante collection des livres de magie. Celle-ci n'est cependant pas ouverte au public. Mais dans tous les cas, il est rare que l'on ose s'approcher de ce manoir, car les rumeurs qui courent à son sujet sont peu rassurantes...

Le Royaume des morts est une dimension parallèle aux plans de Gensokyo et du monde "réel" tel que conçu par la majorité des êtres humains. Il s'agit de l'un des trois lieux auxquels peuvent accéder les fantômes après leur jugement par un Yama, en plus du paradis et de l'enfer. Le Royaume des morts correspond en quelque sorte aux limbes, c'est ici que les fantômes attendent le temps de purger leurs crimes avant d'être éventuellement réincarnés. Il est séparé de Gensokyo par une puissante barrière magique, réputée presque indestructible. Malheureusement, rien n'empêche quelqu'un de contourner la porte en la survolant...

En suivant le chemin de l’au-delà , on finit par arriver à la rivière Sanzu , qui coule de l’autre côté de la Montagne Youkai . Ce cours d’eau brumeux fait en fait office de frontière entre Gensokyo et les jardins d’Higan. Seuls les morts sont capables de le traverser, à bord d'une embarcation, à condition d'avoir pu payer le voyage à un Shinigami. Non loin de la rivière Sanzu, du côté de Gensokyo, se dresse la Colline Perdue.

La forêt de Bambou des disparus est située à l’exact opposé de la montagne Youkai . Comme son nom l’indique, la végétation de cet immense bois est uniquement composée de roseaux arborescents , qui poussent si rapidement que l'aspect de la forêt change continuellement, si bien que les voyageurs qui se risquent parfois à y pénétrer se perdent la plupart du temps . Au chœur du bois se dresse le manoir d’Eientei, une gigantesque résidence construite dans le plus pur style japonais. La forêt de bambous abrite aussi la demeure de Fujiwara no Mokou , dont l'emplacement exact reste un mystère... Aucun humain ordinaire ne vit à cet endroit : vous aurez bien plus de chances de croiser un des nombreux lapins qui peuplent le bois plutôt qu’un simple promeneur.

La Montagne Youkai est connue pour être la plus grande montagne de tout Gensokyo ; sa renommée est telle qu'elle est souvent appelée simplement « La Montagne » par les résidents de Gensokyo. La Montagne Youkai est couverte d'une dense forêt depuis sa base jusqu'à très haut, là où le sol, trop rocailleux, laisse place à d'énormes pierres aux formes peu communes ainsi qu'à d'immenses cascades. On y trouve des Kappas en aval, et plus haut en amont vivent les Tengus. Ces deux populations ont su s'organiser en sociétés très développées, et elles poursuivent aujourd'hui leur vie de manière durable et pacifique. Cependant les youkai de ces lieux ne sont pas forcément amicaux envers les humains. En effet ceux ci sont rarement les bienvenus et cela fait que la Montagne Youkai compte parmis les endroits les plus hostiles de Gensokyo. Quelque part sur cette montagne est creusé l'Underground Geyser Center, destiné à des recherches sur l'énergie nucléaire. La Montagne Youkai abrite également le Temple Moriya, et encore plus haut, au delà du sommet, on peut accéder à Bhava-Agra, un royaume du Monde Céleste.

Le monde souterrain est une contrée à part dans Gensokyo, puisque ce véritable petit monde est en fait situé sous le sol du pays des illusions. Il est composé de plusieurs niveaux: l’ancien enfer, la partie la plus proche de la surface, faisait autrefois office d’enfer avant que les Yamas décident de le délocaliser à cause de sa surpopulation . Un peu plus bas, après le pont, on peut trouver l’ancienne cité où vivent les Onis. Encore plus loin se dresse le palais des esprits de la terre, une élégante bâtisse dotée de nombreux vitraux. On peut accéder à l’enfer des flammes ardentes par le trou qui se trouve dans la cour du manoir et encore en dessous se trouve le four nucléaire. Hormis les Onis et certains youkai, peu de gens vivent dans le monde sous-terrain, sans doute en raison des conditions difficiles qui y règnent. La chaleur y est en effet peu supportable, et l'absence de lumière naturelle peut s'avérer plutôt problématique …

Les Cieux Divins sont le monde céleste au dessus de Gensokyo. Celui-ci se compose de plusieurs royaumes, flottant au dessus des nuages. Un des moyens d'y accéder est d'escalader la Montagne Youkai qui domine Gensokyo. On dit des habitants des Cieux Divins qu'ils sont paisibles et insoucieux, qu'ils aiment faire la fête et boire du sake, loin des problèmes qui peuvent agiter le monde qui s'étend sous leurs pieds.